Pracownia mikroskopowa posiada szereg nowoczesnych mikroskopów umożliwiających obserwacje preparatów zarówno w widzialnym świetle przechodzącym, kontraście fazowym jak również w systemie fluorescencyjnym.
Na wyposażeniu pracowni znajduje się między innymi mikroskop konfokalny FV10i firmy Olimpus. Mikroskop ten jest przystosowany do szybkiej, niewymagającej zaawansowanej optymalizacji, obserwacji skrawków, utrwalonych oraz żywych komórek. Wszystkie elementy optyczne mikroskopu są sterowane za pomocą oprogramowania, co zapewnia automatyzację takich procesów, jak ogniskowanie, ekspozycja, wybór długości fali fluorescencyjnej, a nawet korekcję grubości szkiełka mikroskopowego. W rezultacie zaawansowane procesy obrazowania mogą być z łatwością wykonywane. Wykorzystane tu cztery diody emitujące światło o długości 405, 473, 559 i 635 nm pobudzają większość barwników fluorescencyjnych. Mikroskop może jednocześnie pobierać cztery zakresy wzbudzenia fluorescencyjnego oraz i jeden kanał kontrastu fazowego, dzięki czemu można łatwo obrazować wiele barwników fluorescencyjnych.
Innym zawansowanym mikroskopem wykorzystywanym do obserwacji reakcji immunofluorescencyjnych jest mikroskop Immager M1 firmy Zeiss, zaopatrzony w Apotom – system zapobiegający rozproszeniu oraz nieostremu światłu, nawet w przypadku grubszych preparatów. Źródło światła wykorzystywane w tym mikroskopie stanowią diody LED systemu Colibri, który powoduje zwiększenie stosunku sygnału do tła obrazu oraz zapobiega utraty właściwości fluorescencyjnych przez zastosowane barwniki.
Inny mikroskop – Immager M1 firmy Zeiss – jest wyposażony w zdalnie regulowany stolik oraz kamerę wykorzystywaną do obserwacji preparatów za pośrednictwem sieci internetowej. Mikroskop ten jest wykorzystywany do intensywnie rozwijającej się telemedycyny. Digitalizacja całych preparatów histologicznych jest wykonywana z zastosowaniem skanera preparatów histologicznych Mirax-Midi (Zeiss). Skaner ten umożliwia otrzymanie wysokorozdzielczych obrazów całych preparatów zapisywanych w postaci wirtualnych slajdów na nośnikach cyfrowych lub też umieszczanych na portalach internetowych.
Innym ciekawym urządzeniem jest system do mikrodysekcji laserowej – PALM MicroBeam (Zeiss) System ten wykorzystuje ogniskowaną wiązkę lasera do wycinania i izolowania wybranych obszarów preparatu, które następie mogą zostać poddane izolacji: DNA, RNA lub białek. Urządzenie do mikrodysekcji umożliwia przeprowadzenie procedury zarówno na preparatach mrożeniowych, utrwalonych oraz zatopionych w parafinie – zarówno z materiałów archiwalnych, jak i z żywych hodowli komórkowych. System ten umożliwia nawet izolacje wrażliwych komórek macierzystych bez wpływu na ich witalność oraz strukturę genetyczną.