Badania mikroskopowo-elektronowe przeprowadzane w pracowni mikroskopii elektronowej obejmują analizę budowy i składu komórkowego tkanek ludzkich i zwierzęcych oraz zawiesin komórkowych. Analiza mikroskopowo-elektronowe polega na uzyskaniu informacji o badanej próbce wykorzystując efekt przejścia przez nią wiązki elektronów o odpowiedniej energii i badaniu efektów fizycznych związanych z tym zjawiskiem. Strumień elektronów padając na badaną próbkę w zależności od jej gęstości elektronowej ulega ugięciu, odbiciu lub zaabsorbowaniu przez nią tworząc obrazy w skali szarości o wysokiej rozdzielczości i bardzo dużym powiększeniu.
Pracownia wyposażona jest w transmisyjny mikroskop elektronowy (TEM) model JEM 1010, (Jeol, Japonia), który umożliwia uzyskanie powiększeń od 600 x do 500 000 x przy napięciu przyspieszającym do 100 kV i rozdzielczości punktowej 0,5 nm.
Mikroskop wzbogacony jest o kamerę cyfrową MEGAVIEW G2 oraz współpracujący z nią program do analizy obrazów iTEM Digital Imaging Solutions (OLYMPUS Soft Imaging solutions GmbH, Niemcy).