Pracownia histologiczna
Pracownia histologiczna dysponuje nowoczesnym sprzętem służącym do wykonania preparatów histologicznych, otrzymywanych z prawidłowych oraz patologicznie zmienionych narządów. Pracownia zaopatrzona jest w trójmodułową stację służącą do zatapiania w parafinie wcześniej utrwalonych narządów, tkanek lub zawiesin komórkowych. Trzy niezależne moduły: dyspenser parafiny DP 500, moduł grzewczy UT200 oraz płyta chłodząca PF100 (BioOptica) pozwalają na szybkie i precyzyjne przeprowadzenie procedury zatapiania. Zautomatyzowany mikrotom obrotowy Leica RM2255 gwarantuje uzyskanie wysokiej jakości skrawków histologicznych, które za pośrednictwem specjalistycznej łaźni wodnej HistoBath są nanoszone na szkiełka mikroskopowe. Pracownia posiada także w pełni zautomatyzowaną platformę BenchMark XT (Roche) do wykonywania, między innymi, reakcji immunohistochemicznych. Urządzenie to pozwala na wykonanie jednoczesnej reakcji do 60 szkiełek mikroskopowych z naniesionymi preparatami w czasie 8 godzin pracy urządzenia. Platforma BenchMark XT jest skierowana także do specjalistów w dziedzinie diagnostyki nowotworów, którzy są zainteresowani automatyzacją i poszerzeniem zakresu badań o IHC, ISH oraz FITC. Kolejnym zaawansowanym urządzeniem będącym na wyposażeniu pracowni jest barwiarka Leica Autostainer XL. Urządzenie to jest przeznaczone do wykonywania rutynowych barwień preparatów lub próbek cytologicznych nałożonych na szkiełka mikroskopowe. Urządzenie to zapewnia powtarzalne, spójne, wysokiej jakości barwienie oraz znacznie zwiększa wydajność pracy. Ponadto w połączeniu z urządzeniem do zamykania preparatów histologicznych – Leica CV5030 tworzy w pełni zautomatyzowaną stacje roboczą, której rezultatem jest wybarwiony oraz prawidłowo zamknięty preparat histologiczny.
Pracownia mikroskopowa
Pracownia mikroskopowa posiada szereg nowoczesnych mikroskopów umożliwiających obserwacje preparatów zarówno w widzialnym świetle przechodzącym, kontraście fazowym jak również w systemie fluorescencyjnym.
Na wyposażeniu pracowni znajduje się między innymi mikroskop konfokalny FV10i firmy Olimpus. Mikroskop ten jest przystosowany do szybkiej, niewymagającej zaawansowanej optymalizacji, obserwacji skrawków, utrwalonych oraz żywych komórek. Wszystkie elementy optyczne mikroskopu są sterowane za pomocą oprogramowania, co zapewnia automatyzację takich procesów, jak ogniskowanie, ekspozycja, wybór długości fali fluorescencyjnej, a nawet korekcję grubości szkiełka mikroskopowego. W rezultacie zaawansowane procesy obrazowania mogą być z łatwością wykonywane. Wykorzystane tu cztery diody emitujące światło o długości 405, 473, 559 i 635 nm pobudzają większość barwników fluorescencyjnych. Mikroskop może jednocześnie pobierać cztery zakresy wzbudzenia fluorescencyjnego oraz i jeden kanał kontrastu fazowego, dzięki czemu można łatwo obrazować wiele barwników fluorescencyjnych.
Innym zawansowanym mikroskopem wykorzystywanym do obserwacji reakcji immunofluorescencyjnych jest mikroskop Immager M1 firmy Zeiss, zaopatrzony w Apotom – system zapobiegający rozproszeniu oraz nieostremu światłu, nawet w przypadku grubszych preparatów. Źródło światła wykorzystywane w tym mikroskopie stanowią diody LED systemu Colibri, który powoduje zwiększenie stosunku sygnału do tła obrazu oraz zapobiega utraty właściwości fluorescencyjnych przez zastosowane barwniki.
Inny mikroskop – Immager M1 firmy Zeiss – jest wyposażony w zdalnie regulowany stolik oraz kamerę wykorzystywaną do obserwacji preparatów za pośrednictwem sieci internetowej. Mikroskop ten jest wykorzystywany do intensywnie rozwijającej się telemedycyny. Digitalizacja całych preparatów histologicznych jest wykonywana z zastosowaniem skanera preparatów histologicznych Mirax-Midi (Zeiss). Skaner ten umożliwia otrzymanie wysokorozdzielczych obrazów całych preparatów zapisywanych w postaci wirtualnych slajdów na nośnikach cyfrowych lub też umieszczanych na portalach internetowych.
Innym ciekawym urządzeniem jest system do mikrodysekcji laserowej – PALM MicroBeam (Zeiss) System ten wykorzystuje ogniskowaną wiązkę lasera do wycinania i izolowania wybranych obszarów preparatu, które następie mogą zostać poddane izolacji: DNA, RNA lub białek. Urządzenie do mikrodysekcji umożliwia przeprowadzenie procedury zarówno na preparatach mrożeniowych, utrwalonych oraz zatopionych w parafinie – zarówno z materiałów archiwalnych, jak i z żywych hodowli komórkowych. System ten umożliwia nawet izolacje wrażliwych komórek macierzystych bez wpływu na ich witalność oraz strukturę genetyczną.
Pracownia biologii molekularnej
Pracownia zajmuje się głównie analizą zmian ekspresji genów na poziomie RNA oraz białka. W tym kontekście pracownia wyposażona jest w dwa urządzenia do przeprowadzania reakcji PCR w czasie rzeczywistym (7900HT Real Time PCR system (Applied biosystem), LightCycler 2.0 Roche), cztery urządzenia do standardowej reakcji PCR, zestawy do elektroforezy na żelach agarozowych. Przygotowanie reakcji PCR jest możliwe do przeprowadzenia z wykorzystaniem programowalnej stacji pipetującej epMotion 5075 (Eppendorf). W ramach pracowni wykonywane są także analizy ekspresji miRNA za pomocą metody PCR w czasie rzeczywistym lub też northern blot.
Pracownia posiada także pełne wyposażenie do przeprowadzania ilościowej analizy ekspresji białek za pomocą metody western blot. Posiadamy zestawy do elektroforezy białek firmy Biorad, zestaw do szybkiego transferu rozdzielonych białek (Trans -Blot Turbo, Biorad) oraz odpowiednio czułe urządzenie do wizualizacji i dokumentacji uzyskanych wyników (Amersham Imager 600). Metoda western blot jest z powodzeniem wykorzystywana do analizy ścieżek sygnalnych aktywowanych podczas stymulacji proliferacji bądź też apoptozy. Pracownia posiada także urządzenie do pomiaru wydzielonych białek/hormonów/bioaktywnych substancji do medium hodowlanego lub też badanych w osoczu krwi. Urządzenie to stanowi zaawansowany czytnik ELISA – Synergy 2 Biotek, który dodatkowo umożliwia pomiar stężenia wtórnych przekaźników sygnalnych takich jak cAMP, IP3 czy też jony wapnia.
Pracownia posiada także system Geneatlas firmy Affymetrix, służący do analizy ekspresji całekgo transkryptomu (ok 30 000 genów) oraz profilowania miRNA. System ten bazuje na technologii mikromacierzy i składa się on ze stacji mikrofluidycznej, pieca hybrydyzacyjnego oraz skanera mikromacierzy.
Analizy sekwencji krótkich odcinków DNA, badanie polimorfizmów, określanie mutacji oraz ich korelacje z danymi klinicznymi są możliwe do przeprowadzenia dzięki sekwenatorowi 3130 Genetic analyzer (Applied Biosystems).
Dodatkowo w ramach pracowni dysponujemy następującymi urządzeniami: piec hybrydyzacyjny HybriLinker Hybrydyzation Oven/ Uv Crosslinker UVP, homogenizator Schutt homgen, sonikator Bioruptor Plus Diagenode.
Pracownia hodowli komórkowych
Pracownia dysponuje niezbędną aparaturą do prowadzenia hodowli komórkowych w warunkach jałowych. Jest wyposażona w trzy inkubatory CO2 (np. Forma™ Steri-Cycle™ CO2, Thermo Scientific), trzy sterylizowane komory z laminarnym przepływem powietrza oraz dwie zamrażarki niskotemperaturowe. W pracowni wykonywane są procedury zakładania, prowadzenia pierwotnych hodowli komórek ludzkich oraz zwierzęcych (nadnercza szczura, śluzówka policzka oraz komórki ziarniste świni). Wyprowadzane są tu również linie komórkowe oporne na cytostatyki, które stanowią podstawę do dalszych badań molekularnych. W pracowni są także hodowane ustalone linie komórkowe pochodzenia nowotworowego, które stanowią doskonały model do badań wpływu cytostatyków, bioaktywnych peptydów, białek na stopień proliferacji i migracji. W tym celu pracownia wyposażona jest w xCELLigence® Real-Time Cell Analysis (RTCA) – urządzenie do pomiaru proliferacji oraz migracji hodowanych komórek w czasie trwania hodowli. Urządzenie to służy do nieinwazyjnego monitorowania stanu komórek, w tym ich liczby, kształtu oraz stopnia migracji. Pomiar mierzonych parametrów zachodzi w 15 minutowych odstępach w czasie trwania hodowli. Pracownia dysponuje także mikroskopem odwróconym: Leica DMi1, licznikiem komórek: countess II FL (Thermo Scientific), cytospinem: Cytospin 4 (Thermo Scientific) oraz cytometrem przepływowym Muse (Milipore).
Pracownia mikroskopii elektronowej
Badania mikroskopowo-elektronowe przeprowadzane w pracowni mikroskopii elektronowej obejmują analizę budowy i składu komórkowego tkanek ludzkich i zwierzęcych oraz zawiesin komórkowych. Analiza mikroskopowo-elektronowe polega na uzyskaniu informacji o badanej próbce wykorzystując efekt przejścia przez nią wiązki elektronów o odpowiedniej energii i badaniu efektów fizycznych związanych z tym zjawiskiem. Strumień elektronów padając na badaną próbkę w zależności od jej gęstości elektronowej ulega ugięciu, odbiciu lub zaabsorbowaniu przez nią tworząc obrazy w skali szarości o wysokiej rozdzielczości i bardzo dużym powiększeniu.
Pracownia wyposażona jest w transmisyjny mikroskop elektronowy (TEM) model JEM 1010, (Jeol, Japonia), który umożliwia uzyskanie powiększeń od 600 x do 500 000 x przy napięciu przyspieszającym do 100 kV i rozdzielczości punktowej 0,5 nm.
Mikroskop wzbogacony jest o kamerę cyfrową MEGAVIEW G2 oraz współpracujący z nią program do analizy obrazów iTEM Digital Imaging Solutions (OLYMPUS Soft Imaging solutions GmbH, Niemcy).
Transmisyjny mikroskop elektronowy (TEM)
